Par convention avec l’Etat, le gestionnaire est chargé d’assurer, sous le contrôle du préfet, dans le respect de la réglementation et compte tenu des avis du comité consultatif de gestion de la réserve, la conservation du patrimoine naturel. Il conçoit et met en œuvre le plan de gestion du site. Le gestionnaire se voit donc investi des missions de surveillance, de gestion du patrimoine et d’animation. Le comité consultatif de la réserve est réuni par les services de la Préfecture une fois par an.
Entre 1974, date de création de la réserve naturelle et 1982, il n'y a pas de gestionnaire attitré. De 1982 à janvier 2014, la gestion de la réserve est confiée par délégation du préfet des Landes à l’association loi 1901. Deux plans de gestion (2001-2005 et 2007-2011) ont été mis en œuvre et évalués durant cette période.
En 2014, suite au retrait de l'association, le Syndicat Mixte de Gestion des Milieux Naturels se voit attribuer la gestion de la Réserve Naturelle Nationale de l'étang Noir par convention du 22 Août 2014 après avoir modifié ses statuts (arrêté préfectoral du 15 janvier 2014) pour intégrer le site de l’étang Noir.
Le SMGMN gère deux autres réserves naturelles nationales dans les Landes :
