La Réserve Naturelle de l’étang Noir se situe en Aquitaine, au sud-ouest du département des Landes (40) dans la région naturelle appelée Le Marensin, à proximité de l'océan Atlantique.
Elle se trouve à 20 km à l'Ouest de Dax (sous-préfecture), 100 km de Mont-de-Marsan (préfecture), sur les communes de Seignosse et de Tosse, au centre d'un triangle matérialisé par les communes de Soustons, Hossegor et Saint-Vincent-de-Tyrosse.
Localisée au sud des Landes, la réserve se trouve relativement éloignée des grands centres urbains (180 km de Bordeaux, 40 kilomètres de Bayonne) et des grands axes routiers mais à proximité des grands pôles touristiques de la côte sud des Landes : Seignosse Le Penon, Hossegor, Capbreton, Vieux-Boucau….
Le territoire classé en réserve naturelle se situe à proximité du bourg de Seignosse.
L’accès à la zone ouverte au public et à la maison d’accueil se fait par la route départementale D89.